1977年，空军和南京军区的领导岗位都空了出来，按级别划分，这两个职位都属于大军区正职。不过，从实际情况来看，空军与海军、陆军并称三大军种，这说明空军司令和大军区司令之间还是存在一定差异的。

不少人不清楚，在挑选空军司令时，不少人推荐聂凤智出任，他那时是南京军区的副司令员。

新中国成立后，聂凤智被调到空军工作，在抗美援朝战争中，他带领新组建的空军部队取得了辉煌战果。之后，他先后担任南京军区空军司令员和福州军区空军司令员，随后又被调任南京军区副司令员兼空军司令员。1967年他暂时离开工作岗位，直到1975年才重新回到岗位。组织上原计划让他重返空军担任重要职务，但他觉得自己离开空军时间过长，不适合再回空军，最终被任命为南京军区副司令员。

在空军将领中，没人比他的指挥经验更丰富。抗美援朝刚开始时，刘震曾短暂负责指挥，而大规模空战则是由聂凤智领导的。

1977年，空军高层调整，副总参谋长张爱萍极力推荐聂凤智担任空军司令。两人曾在一江山岛战役中并肩作战，张爱萍对聂凤智的指挥才能印象深刻，认为他是空军中不可多得的优秀将领。

不仅有丰富的实战经验，还有深厚的背景。前任司令马宁，早在五十年代担任空军师长期间，就曾在他的指挥下工作。

从实际情况来看，空军司令的级别比军区司令要高。但他为什么没去空军任职？原因很简单，离开部队时间太长了。空军作为技术兵种，更新换代太快，他年纪大了，确实不适合继续干这行。最后，上级决定让政委张廷发接任司令职务。别看张廷发在八十年代是空军司令，但他还当上了政治局委员，地位相当重要。

当时，南京军区的前司令员丁盛卸任后，一直在该军区任职的聂凤智，无论是从经验还是能力来看，都是接替这一职位的最佳人选。所以，上级决定让他来担任这一职务。

许世友可能也支持他当司令员。许世友是他的老领导，当时在广州军区任职。许世友离开南京前，大概就打算退休后到南京养老。1980年，他从广州军区卸任后，就搬到了南京居住。在南京军区的重要会议上，经常能看到许世友出席，这些都是聂凤智特意邀请的。

他在处理南京军区事务的同时，也调解了许世友与前任副司令王、林、鲍之间的矛盾，劝他们放下过去，着眼未来，其中对许世友的劝导尤其多。

1982年，他在南京军区干了五年，圆满完成了任务，顺利转入退休生活。